სწრაფი, სუფთა და მარტივი ნიადაგის/ფეკალური დნმ-ის ექსტრაქცია Big Fish Sequence-ის გამოყენებით

ნიადაგი, როგორც მრავალფეროვანი ეკოლოგიური გარემო, მდიდარია მიკრობული რესურსებით, მათ შორის მიკრობული ტიპების ფართო სპექტრით, როგორიცაა ბაქტერიები, სოკოები, ვირუსები, ციანობაქტერიები, აქტინომიცეტები, უმარტივესები და ნემატოდები. მეტაბოლური აქტივობებისა და ფიზიოლოგიური თვისებების ფართო სპექტრის მქონე ისინი გადამწყვეტ როლს ასრულებენ ნიადაგის საკვები ნივთიერებების ციკლში და აუცილებელია ნიადაგის დამაბინძურებლების მოსაშორებლად. როგორც დედამიწაზე ერთ-ერთი ყველაზე ბიოლოგიურად მრავალფეროვანი გარემო, ნიადაგების მოლეკულური ბიოლოგიური კვლევები უნიკალური ბიოლოგიური მნიშვნელობისაა. ამ პროცესში, ნიადაგის ნიმუშებიდან მიკრობული დნმ-ის მიღება ნიადაგის კვლევის პირველი ნაბიჯია და ყველაზე კრიტიკული ნაბიჯი შემდგომი ექსპერიმენტების წარმატებისთვის. თუმცა, მდიდარი მიკრობული რესურსების გარდა, ნიადაგი ხშირად შეიცავს დიდი რაოდენობით მეტაბოლიტებს (ჰუმუსის მჟავა, ქსანთის მჟავა და სხვა ჰუმუსური ნივთიერებები), რომელთა გაწმენდა ნუკლეინის მჟავების ექსტრაქციის პროცესში ადვილად შეიძლება ნუკლეინის მჟავებთან ერთად, რაც გავლენას ახდენს შემდგომი PCR და სეკვენირების პროცესზე.დიდი თევზინიადაგისა და ფეკალური მასების გენომური დნმ-ის გამწმენდი ნაკრები ეფექტურად და სწრაფად გამოყოფს სუფთა და მაღალკონცენტრირებულ გენომურ დნმ-ს ჰუმუსით მდიდარი ნიმუშებიდან, როგორიცაა ნიადაგის ფეკალიები, რაც ძლიერ დამხმარეს წარმოადგენს ნიადაგის მიკრობული ეკოსისტემის მრავალფეროვნების კვლევისთვის.